Em 1954, com autorização do Governo do Estado, a Faculdade foi transferida para o prédio do Instituto de Educação e, em 1960, passou a funcionar nas dependências da Escola Aurelino Leal, no Ingá.

A faculdade foi agregada à U.F.E.R.J com o nome de Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, no final de 1960. Foi federalizada, em setembro de 1961, e incorporada à Universidade.

No ano de 1965, a faculdade foi transferida para sua sede própria, construída em terreno doado pelo município de Niterói, à Rua Dr. Celestino, 78.

Com a reestruturação determinada pelo decreto 62.414, de março de 1968, a Universidade passou a se chamar Universidade Federal Fluminense, e a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras foi desmembrada em diversas unidades. O Instituto de Letras foi uma dessas unidades e permaneceu na sede da Rua Dr. Celestino, onde também ficou a Faculdade de Educação.

Em 1971, foram criadas as habilitações em Português-Literaturas, Português-Inglês, Português-Francês, Português-Espanhol, Português-Alemão, Português-Latim, Português-Grego e Português-Italiano. Em 1976, criaram-se os bacharelados em Crítica Literária, Tradução e Interpretação e Revisão Crítica. O curso de Pós-Graduação foi implantado em 1971, com o Mestrado em Língua Portuguesa. No ano seguinte, se iniciou o Mestrado em Língua Inglesa e, em 1975, passaram a ser oferecidas as áreas de Literatura Brasileira e Portuguesa.

Em 1978, o Instituto de Letras foi transferido para o Valonguinho, onde dividia um prédio com o Instituto de Ciências Humanas e Filosofia.

Com o ano de 1980, iniciaram-se os cursos de especialização, com a modalidade Língua Francesa e Literaturas Francófonas, a que se acrescentariam Língua Portuguesa, Língua Inglesa, Literatura Brasileira, Literatura Portuguesa e Literaturas da Língua Inglesa. A década de 80 trouxe ainda a criação do Mestrado em Literaturas de Língua Francesa, em 1983, que passou a denominar-se Mestrado em Línguas Francófonas, em 1988.

No dia 18 de abril de 1990, o Instituto de Letras foi transferido para o Campus do Gragoatá, onde se localiza até hoje. A inauguração ocorreu no dia 16 de agosto do mesmo ano.